การบริหารงานกองทุนสิ่งแวดล้อม อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของคณะกรรมการจำนวน 2 ชุด คือ
1) คณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ เป็นกรรมการในระดับนโยบาย ที่มีหน้าที่กำกับการ
บริหารงานกองทุนสิ่งแวดล้อมของคณะกรรมการกองทุนสิ่งแวดล้อม
2) คณะกรรมการกองทุนสิ่งแวดล้อม เป็นกรรมการระดับการบริหารและจัดการกองทุน
สิ่งแวดล้อม โดยมีหน้าที่ในการกำหนดระเบียบ ข้อกำหนด หลักเกณฑ์และเงื่อนไข รวมทั้ง เป็นผู้พิจารณา
อนุมัติจัดสรรเงินและการดำเนินการต่างๆ ที่เกี่ยวกับการบริหารงานของกองทุนสิ่งแวดล้อม
ทั้งนี้ มีสำนักงานกองทุนสิ่งแวดล้อม ซึ่งเป็นหน่วยงานในสังกัดสำนักงานนโยบายและแผน
ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ทำหน้าที่ฝ่ายเลขานุการคณะกรรมการกองทุนสิ่งแวดล้อม ร่วมกับผู้จัดการ
กองทุนสิ่งแวดล้อม คือ กรมบัญชีกลาง ทำหน้าที่ในการเก็บรักษาเงินและทรัพย์สินของกองทุนสิ่งแวดล้อม และ
เป็นผู้จัดการกองทุนในส่วนเงินอุดหนุน และ บมจ.ธนาคารกรุงไทย จำกัด เป็นผู้จัดการกองทุนในส่วนเงินกู้
การบริหารงานกองทุนสิ่งแวดล้อมได้ดำเนินการภายใต้ประกาศคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ และระเบียบ
และประกาศคณะกรรมการกองทุนสิ่งแวดล้อม (Download ประกาศและระเบียบ)
.
