ในการติดตามตรวจสอบพื้นที่นั้น กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม โดยกรมควบคุมมลพิษ ได้ดำเนินการติดตามตรวจสอบคุณภาพสิ่งแวดล้อมจากการเพาะเลี้ยงกุ้งกุลาดำและกุ้งทะเลชนิดอื่นๆ ในพื้นที่น้ำจืด ในระหว่างปี 2549–2552 โดยทำการเก็บตัวอย่างน้ำในบ่อเพาะเลี้ยงจำนวนรวมทั้งสิ้น 127 ฟาร์ม ซึ่งพบว่า ส่วนใหญ่มีค่าความเค็ม ไนโตรเจนรวม และสารแขวนลอย สูงเกินค่ามาตรฐานควบคุมการระบายน้ำทิ้งจากบ่อเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำกร่อย โดยบ่อเพาะเลี้ยงที่คุณภาพน้ำมีค่าความเค็มสูงเกินมาตรฐาน มีจำนวนถึง 123 ฟาร์ม คิดเป็นร้อยละ 96 และมีบ่อเพาะเลี้ยงมากกว่าร้อยละ 66 ระบายน้ำลงสู่แหล่งน้ำสาธารณะหรือออกสู่สิ่งแวดล้อมเมื่อมีการจับกุ้งหรือมีโรคระบาดในบ่อเพาะเลี้ยง ซึ่งจะส่งผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมได้ และจากการสำรวจคุณภาพดินจากบ่อเพาะเลี้ยงกุ้งกุลาดำและกุ้งขาวแวนนาไมในทุกภาคของประเทศ ในปี 2551 จำนวนทั้งสิ้น 25 ฟาร์ม ในเรื่องการแพร่กระจายของความเค็ม ซึ่งพิจารณาจากค่าการนำไฟฟ้าของน้ำในดินในสภาพที่ดินอิ่มตัวด้วยน้ำ (Electrical Conductivity of Saturation Water Extract, ECe) บริเวณรอบบ่อเพาะเลี้ยงเปรียบเทียบกับดินในพื้นที่อ้างอิง พบว่า หนึ่งในสามของบ่อเพาะเลี้ยงที่มีการสำรวจ มีค่า ECe ที่ระยะขอบบ่อสูงกว่าพื้นที่อ้างอิง แสดงถึงการแพร่กระจายของความเค็มจากบ่อเพาะเลี้ยง โดยพื้นที่ฟาร์มที่ตั้งอยู่ในพื้นที่ดอนหรือที่เนินจะเกิดการแพร่กระจายของความเค็มออกสู่พื้นที่ภายนอกได้มากกว่าพื้นที่อื่น
.
