ภายหลังจากยื่นข้อเสนอโครงการผ่านแผนปฏิบัติการเพื่อการจัดการคุณภาพสิ่งแวดล้อมใน
ระดับจังหวัดแล้ว มีขั้นตอนการพิจารณา ดังนี้
1) สำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ในฐานะฝ่ายเลขานุการ
ของคณะอนุกรรมการกลั่นกรองโครงการด้านการจัดการมลพิษ ภายใต้คณะกรรมการกองทุนสิ่งแวดล้อม จะ
ทำหน้าที่พิจารณาและวิเคราะห์ความเหมาะสมของโครงการที่ขอรับการสนับสนุนจากกองทุนในเบื้องต้น ตาม
ระเบียบ หลักเกณฑ์ เงื่อนไข เพื่อนำเสนอคณะอนุกรรมการกลั่นกรองโครงการฯ เพื่อพิจารณาต่อไป
2) คณะอนุกรรมการกลั่นกรองโครงการด้านการจัดการมลพิษ จะทำหน้าที่พิจารณากลั่นกรอง
โครงการที่ขอรับการสนับสนุนจากกองทุนสิ่งแวดล้อม ทั้งทางด้านเทคนิควิชาการและความเหมาะสมด้านการเงิน
เพื่อนำเสนอคณะกรรมการกองทุนสิ่งแวดล้อมต่อไป
3) คณะกรรมการกองทุนสิ่งแวดล้อม จะทำหน้าที่พิจารณาและอนุมัติการจัดสรรเงินกองทุน
สิ่งแวดล้อม
กรณีโครงการที่คณะกรรมการกองทุนสิ่งแวดล้อม มีมติอนุมัติจัดสรรเงิน
กองทุนฯ ให้ดำเนินโครงการ สำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม จะแจ้งมติให้
ผู้จัดการกองทุน (กรมบัญชีกลาง) และผู้ขอรับการสนับสนุนทราบ
กรณีไม่อนุมัติโครงการที่ขอรับการสนับสนุนเงินอุดหนุน สำนักงานนโยบาย
และแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจะแจ้งให้ผู้ขอรับการสนับสนุนทราบ
การแจ้งมติคณะกรรมการกองทุนฯ จะดำเนินการภายใน 3 วัน นับแต่วัน
ได้รับทราบมติของคณะกรรมการกองทุนสิ่งแวดล้อม